フレックスタイム制とは？メリット・デメリットや残業代の計算仕組みをわかりやすく解説

「働き方改革」や「ワークライフバランス」という言葉が定着する中で、多くの企業が導入を進めている「フレックスタイム制」。

「時間を自由に使える便利な制度」というイメージがある一方で、

• 「本当に残業代は正しく支払われるの？」
• 「コアタイムって必ず設定しなきゃいけないの？」
• 「うちの職種でも導入できるのだろうか？」 といった疑問や不安を抱えている人事担当者や求職者の方も多いのではないでしょうか。

フレックスタイム制は、労働者が日々の始業・終業時刻を自主的に決定できる柔軟な制度ですが、その仕組みやルールを正しく理解していないと、思わぬ労務トラブルや業務効率の低下を招くリスクがあります。

この記事では、フレックスタイム制の基本的な仕組みから、働く側・雇う側双方のメリット・デメリット、気になる残業時間の計算方法、そして導入時の注意点まで、法律の専門知識がなくてもスムーズに理解できるよう徹底解説します。

1. フレックスタイム制とは？基本の仕組みを解説

1-1. フレックスタイム制の定義

フレックスタイム制とは、労働基準法第32条の3に定められている制度で、あらかじめ定めた総労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業時刻と終業時刻をみずからの裁量で決定できる制度です。

通常の「固定時間制（例：9:00〜18:00勤務）」では、遅刻や早退をすると給与が控除されたり、評価に響いたりすることが一般的です。しかし、フレックスタイム制では「月間で◯◯時間働く」という枠組み（清算期間と総労働時間）さえ満たしていれば、ある日は3時間だけ働き、別の日は10時間働くといったスケジュール調整が可能になります。

1-2. 固定時間制との決定的な違い

最大の違いは、「働く時間を決める権限が誰にあるか」という点です。

項目	固定時間制	フレックスタイム制
始業・終業時刻の決定権	企業（就業規則で一律決定）	労働者本人（個人の裁量）
日々の勤務時間	原則として毎日一定（例：1日8時間）	日によって変動が可能
遅刻・早退の概念	原則として存在する	コアタイムを除き、概念自体がない

1-3. 裁量労働制との違い

よく混同されやすい制度に「裁量労働制」がありますが、これらは全く異なる仕組みです。

裁量労働制は、「実際に何時間働いたか」にかかわらず、「あらかじめ契約した時間（例：1日8時間）を働いたものとみなす」制度です。主に専門職や企画職など、成果と労働時間が比例しにくい職種に限定して適用されます。

一方でフレックスタイム制は、働く時間帯は自由ですが、「実際に働いた時間（実労働時間）」をタイムカード等で厳密に集計・管理する必要があります。

2. フレックスタイム制の「コアタイム」と「フレキシブルタイム」

フレックスタイム制を運用する上で、最も重要となるのが「時間帯の区切り」です。一般的には、1日の時間帯を以下の2つ、あるいは3つに分けて設計します。

2-1. コアタイム（必ず勤務すべき時間帯）

コアタイムとは、1日のうちで「必ず出勤して働いていなければならない時間帯」のことです。 例えば、コアタイムが「11:00〜15:00」と設定されている場合、従業員はこの時間帯には必ず業務を行っていなければなりません。11:05に出社した場合は「遅刻」、14:55に退社した場合は「早退」の扱いとなり、就業規則に基づいたペナルティや欠勤控除の対象になり得ます。

全体ミーティングや顧客対応、チーム内での連携をスムーズに行うために設定されることが多い時間帯です。

2-2. フレキシブルタイム（自由に選択できる時間帯）

フレキシブルタイムとは、「いつ出社しても、いつ退社してもよい時間帯」のことです。 例えば、「始業フレキシブルタイム：7:00〜11:00」「終業フレキシブルタイム：15:00〜22:00」のように設定します。従業員はこの時間枠の中で、自分の都合に合わせて出終業時刻を選びます。

2-3. 「コアタイムなし（フルフレックス）」という選択肢

実は、法律上コアタイムの設定は義務付けられていません。コアタイムを一切設けず、すべての時間帯をフレキシブルタイムとする制度を「フルフレックス制」と呼びます。

フルフレックス制では、極端な話をすれば「今日は夜の2時間だけ働く」「朝5時から10時まで働いて午後は休む」といった極めて自由度の高い働き方が可能になります。ただし、メンバー間のコミュニケーション維持や、顧客からの問い合わせ対応など、運用のハードルは高くなる傾向があります。

3. 【働く側（従業員）】フレックスタイム制のメリット・デメリット

働く従業員にとって、フレックスタイム制は魅力的な制度ですが、自己管理能力が問われるという側面もあります。

3-1. 従業員側のメリット

• ワークライフバランスの飛躍的な向上 「子どもの送り迎えをしてから10時半に出社する」「平日の夕方に役所や病院へ行ってから帰る」といった、プライベートの予定に合わせた柔軟な働き方が可能になります。有給休暇をわざわざ半日消化しなくても、私用を済ませられるのは大きな魅力です。
• 通勤ラッシュのストレス回避 一般的な通勤ラッシュの時間帯（朝8:00〜9:00など）を避けて、少し早め、あるいは少し遅めに出社することで、満員電車のストレスから解放されます。移動時間を読書や情報収集に充てるなど、有意義に使えるようになります。
• 業務の波に合わせた効率的な働き方 「今日は調子が良いから、キリが良いところまで一気に進めよう（10時間勤務）」「明日は予定が少ないから早めに帰ろう（5時間勤務）」というように、業務の進捗や自身の集中力に合わせて労働時間をコントロールできます。

3-2. 従業員側のデメリット

• 高い自己管理能力（セルフマネジメント）が求められる 出退勤の時間が自由であるということは、自分でスケジュールを組み立てなければならないということです。ルーズな生活習慣になってしまったり、逆に「際限なくダラダラと遅くまで残って仕事をしてしまう」といった状況に陥りやすくなります。
• 社内・社外とのコミュニケーション難易度が上がる 自分が働いている時間帯に、連絡を取りたい上司や同僚、あるいは取引先が不在であるケースが増えます。リアルタイムのコミュニケーションが難しくなるため、チャットツールの活用や、進捗状況の細かなテキスト共有といった工夫が必要です。

4. 【雇う側（企業）】フレックスタイム制のメリット・デメリット

企業がフレックスタイム制を導入する場合、採用力の強化や生産性の向上が期待できる反面、労務管理が複雑になるという課題が生じます。

4-1. 企業側のメリット

• 優秀な人材の採用・リテンション（離職防止）につながる 求職者が企業を選ぶ際、「働き方の柔軟性」は非常に重視されるポイントです。育児や介護、通学などの事情を抱える優秀な人材が、離職することなく働き続けられる環境を提供できるため、採用市場での競争力が格段に高まります。
• 時間外労働（残業代）の削減 固定時間制では、ある日に業務が集中して8時間を超えた場合、その日のうちに必ず残業代（割増賃金）が発生します。しかし、フレックスタイム制であれば、別の暇な日の勤務時間を短縮することで、月単位での労働時間を調整できます。結果として、無駄な残業代の発生を抑えることが可能です。
• 従業員のエンゲージメントと生産性の向上 自律的に働く時間を選ぶことで、従業員に責任感が生まれ、モチベーションが向上します。また、疲労が溜まっている日は早めに切り上げて翌朝すっきりした状態で働くといったサイクルができるため、1時間あたりの生産性が高まります。

4-2. 企業側のデメリット

• 労務管理・勤怠管理の煩雑化 全員が一斉に出社・退社するわけではないため、「誰が今働いていて、今月の累計労働時間が何時間なのか」をリアルタイムで把握することが難しくなります。手書きの出勤簿やExcelでの管理は限界を迎えるため、フレックスタイム制に対応した勤怠管理システムの導入が不可欠です。
• チームの連携や顧客対応への支障 「急ぎの案件があるのに、担当者がまだ出社していない」「取引先からの電話に対応できる人間がオフィスに誰もいない」といったトラブルが起こるリスクがあります。これを防ぐためには、部署ごとにコアタイムを適切に設定する、あるいはバックアップ体制をあらかじめ構築しておく必要があります。

5. 知っておくべき「残業時間（時間外労働）」の計算仕組み

フレックスタイム制における残業代の計算は、固定時間制とは大きく異なります。固定時間制では「1日8時間、週40時間」を超えた分が残業となりますが、フレックスタイム制では「清算期間における総労働時間」を超えたか否かで判定します。

5-1. 基本用語の整理

仕組みを理解するために、まずは以下の3つの言葉を押さえましょう。

1. 清算期間 労働時間を一枠として計算する対象期間のことです。多くの企業では「1ヶ月」に設定していますが、法改正により最長「3ヶ月」まで延長できるようになりました。
2. 法定労働時間の総枠 清算期間の長さに応じて、法律で定められている労働時間の最大上限値です。以下の計算式で求められます。$$\text{法定労働時間の総枠} = \frac{\text{1週間の法定労働時間（40時間）} \times \text{清算期間の暦日数}}{\text{7日}}$$
3. 標準労働時間（または総労働時間） 労使協定で定めた、「従業員がその期間中に働くべき目標時間」のことです。通常は、法定労働時間の総枠の範囲内で設定されます。

5-2. 暦日数ごとの「法定労働時間の総枠」一覧

1ヶ月を清算期間とする場合、その月の暦日数（28日〜31日）によって、法律上の上限時間は以下のように変動します。

清算期間の暦日数	法定労働時間の総枠（週40時間対象の事業場）
31日（1月、3月、5月、7月、8月、10月、12月）	177.1時間（正確には177時間8分）
30日（4月、6月、9月、11月）	171.4時間（正確には171時間25分）
29日（うるう年の2月）	165.7時間（正確には165時間42分）
28日（平年の2月）	160.0時間（正確には160時間0分）

注意：特例措置対象事業場について

商業やサービス業などで、常時10人未満の労働者を使用する特定の事業場については、週の法定労働時間が44時間となる特例がありますが、フレックスタイム制を適用する場合は原則として「週40時間」を基準として総枠を計算する必要があります。

5-3. 残業時間（時間外労働）が発生するケース

フレックスタイム制において、割増賃金（残業代）の支払いが必要になるのは、「実際の労働時間が、労使協定で定めた総労働時間（または法定労働時間の総枠）を超えたとき」です。

具体的には、以下のルールに従って計算します。

• ケースA：労使協定で定めた総労働時間が、法定労働時間の総枠よりも少ない場合 実際の労働時間が、労使協定の時間を超え、さらに法定の総枠も超えた部分が「法定時間外労働（割増率25%以上）」となります。労使協定時間〜法定総枠の間は「法定内残業」となり、通常の1時間あたりの賃金が支払われます。
• ケースB：労使協定で定めた総労働時間が、法定労働時間の総枠と同じ場合 法定労働時間の総枠を超えた時間すべてが、そのまま「法定時間外労働」となり、25%以上の割増賃金の支払い義務が生じます。

【具体例】

31日ある月（法定の総枠：177.1時間）において、労使協定で定めた総労働時間が「170時間」だった従業員が、実際には「190時間」働いた場合。

• 総実労働時間： 190時間
• 労使協定の時間を超えた分： $190 – 170 = 20\text{時間}$（これが全体の残業時間）
• そのうち法定内残業： $177.1 – 170 = 7.1\text{時間}$（割増なしの100%支給）
• そのうち法定時間外労働： $190 – 177.1 = 12.9\text{時間}$（25%以上の割増支給）

このように、日々の労働時間が8時間を超えていても、月全体で集計したときに枠に収まっていれば残業代は発生しません。逆に、月末になって急激に労働時間が増え、総枠をオーバーした場合は、その超過分がまとめて残業代としてカウントされます。

5-4. 労働時間が不足した場合（欠勤控除など）の扱い

もし、実際の労働時間が、労使協定で定めた総労働時間に「満たなかった」場合はどうなるでしょうか。

この場合、企業は以下のいずれかの方法を選択できます。

1. 当月の給与から不足時間分を控除する（欠勤控除） 働かなかった時間分の基本給を日割り・時間割りで差し引く方法です。
2. 翌月の総労働時間に不足分を通算（繰り越し）する 今月足りなかった時間分を、翌月の働くべき時間（総労働時間）に上乗せして働いてもらう方法です。ただし、翌月に上乗せした結果、翌月の「法定労働時間の総枠」を超えてしまうような設定は認められないため、運用の実務上は注意が必要です。

6. フレックスタイム制を導入・運用する際のステップと注意点

フレックスタイム制を自社に導入するためには、ただ「明日から自由にしていいよ」と口頭で伝えるだけでは不十分です。法律に則った正しい手続きを踏む必要があります。

6-1. 導入のための2大要件

フレックスタイム制の導入には、以下の2つの手続きが法律上必須となります。

① 就業規則への規定

就業規則（またはこれに準ずるもの）に、「労働者に対して始業および終業の時刻を委ねる旨」を明記する必要があります。

② 労使協定の締結

企業の代表者と、労働者の過半数で組織する労働組合（ない場合は労働者の過半数代表者）との間で、以下の事項を定めた「労使協定」を締結しなければなりません。

• 対象となる労働者の範囲（例：開発部の全社員、営業職の社員など）
• 清算期間（1ヶ月、3ヶ月など、期間の長さと起算日）
• 清算期間における総労働時間（働くべき基準時間）
• 標準となる1日の労働時間（有給休暇を取得した際に、何時間働いたものとみなすかを決めるための時間。一般的には7〜8時間）
• コアタイム・フレキシブルタイムの時間帯（設ける場合のみ）

法改正によるポイント（労働基準監督署への届け出）

以前は労使協定の届出は不要でしたが、清算期間が1ヶ月を超える場合（例：2ヶ月や3ヶ月単位でのフレックス）は、労使協定を労働基準監督署へ届け出ることが義務化されました。1ヶ月以内の清算期間であれば、現在も手元での保管のみで届け出は不要です。

6-2. 運用の注意点と形骸化を防ぐコツ

• 適正な勤怠管理システムの選定 前述の通り、リアルタイムでの労働時間把握が成功のカギです。クラウド型の勤怠管理システムなどを導入し、従業員自身も「今月はあと何時間働けばいいのか」をスマホやPCから一目で確認できる環境を整えましょう。
• 評価制度の見直し（成果主義へのシフト） 「長時間オフィスにいる人が偉い」「遅く出社する人はやる気がない」といった古い評価バイアスが残っていると、従業員は制度を使いづらくなります。労働時間の長さではなく、時間内にどれだけの成果を出したかを公正に評価する仕組みづくりを並行して行いましょう。
• 業務の標準化とマニュアル化 特定の人が特定の時間帯にしかいない状態が発生するため、「あの人がいないから業務が完全にストップする」という状況を防ぐ必要があります。業務プロセスの可視化やマニュアルの整備、チーム内での定期的な情報共有の場（朝会や夕会など、コアタイム内の短いミーティング）を設けることが効果的です。

7. まとめ：制度を正しく理解し、柔軟で生産性の高い働き方を実現しよう

フレックスタイム制は、従業員にとっては「プライベートとの両立や効率的な働き方」を可能にし、企業にとっては「採用力の強化や無駄な残業代の削減」をもたらす、非常に優れた制度です。

しかし、そのメリットを最大限に引き出すためには、以下の3点が欠かせません。

1. 「清算期間」と「総労働時間」をベースにした、正しい残業代計算の仕組みを理解すること
2. 労使協定の締結や就業規則の改定といった、法的な手続きを確実に踏むこと
3. 勤怠管理ツールの導入や、成果評価へのシフトなど、運用の土台を整えること

制度の表面的な「自由さ」だけに着目するのではなく、ルールと管理体制をしっかりと構築した上で導入・運用を進めることが、組織全体の生産性向上への近道となります。ぜひ本記事を参考に、自社に最適なフレックスタイム制の形を検討してみてください。